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在線生物信息分析平臺年底上線 提高研究效率

發表時間:2020-05-07 13:40來源:中國新聞網

  在線生物信息分析平臺年底上線 實現‘數據不落地’提高研究效率

  6日,記者從上海科技創新資源數據中心獲悉,由數據中心研發基于PaaS的在線生物信息分析平臺G-Xpert已基本完成,預計于今年年底全面上線。這是上海科技創新資源數據中心作為上海首批建設的十八家功能型平臺之一,以技術實力為基礎,以服務社會為導向,履行社會公益職能的又一次實際行動。

  數據中心首席技術官張嘉銳介紹:“數據中心將充分利用現有資源優勢,整合相關領域的專家資源,通過部署各領域專家背書的分析流程以及PaaS級別的定向優化,大大降低使用門檻,使科研人員和醫務工作者提高研究效率,實現‘數據不落地’的在線協同。”

  今年疫情期間,數據中心推出的病毒基因組檢測服務,就是該生信分析平臺的主要功能之一,用戶只需上傳呼吸道樣本的二代測序數據,即可在3小時內檢測出是否含有新型冠狀病毒。

  中科院上海巴斯德研究所郝沛研究員表示:“病毒檢測平臺,直接對接人體樣本的RNA二代測序原始數據,具有對數據全自動質量控制、拼接和病毒組成分析等功能,實現了快速檢測樣本中可能存在的包括新型冠狀病毒在內的各種病毒,并在線分析其相對載量,協助醫院機構做出快速專業的判斷”。

  據后臺數據顯示,截至2020年5月6日12點,病毒基因組檢測平臺共向來自上海市公共衛生臨床中心、復旦大學、復旦大學附屬兒科醫院、遵義醫科大學等機構的用戶提供了224次檢測服務,檢出了包括Covid-19、HepatitisBvirus、InfluenzaAvirus在內的近10種病毒。

  未來,數據中心還將根據業務實際需求,除了在線分析外,將對于醫院、疾控中心等涉及敏感數據的機構,協助完成本地化部署檢測流程和云平臺,提升實時檢測的能力。

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